肝胆管结石有上腹疼痛不适和腹部隐痛的症状 。可诱发急性症状包括寒战和胆结石,结石分布广泛或位于肝门与胆管的汇合处,胆汁不能向下排出并逆行进入血液,巩膜和皮肤会出现黄疸。当肝内胆管充满结石时,可能会损害肝功能,甚至有肝衰竭的风险。大多数肝胆管结石不会引起明显的临床症状,绝大多数人在肝脏彩色多普勒超声体检时意外发现。