巴氏腺囊肿通常不会自行消失。这是因为巴氏腺囊肿是由于巴氏腺导管阻塞导致分泌物积聚形成的,如果不进行治疗,囊肿可能会继续增大,甚至感染,导致疼痛和不适。因此,如果出现巴氏腺囊肿,建议及时就医,接受专业治疗,以避免病情恶化。