扁桃体炎头疼可能是炎症刺激、牵扯神经等原因引起的 。1、炎症刺激扁桃体炎是由细菌感染引起的,细菌在体内大量繁殖,会产生大量的毒素,从而刺激大脑的神经系统,引起头疼的症状。2、牵扯神经扁桃体发炎时,炎症因子会刺激扁桃体周围的神经组织,导致神经组织受损,从而引起头疼的症状。扁桃体炎患者可在医生指导下服用阿莫西林胶囊、头孢克肟胶囊等抗生素类药物进行治疗,必要时可通过手术的方式进行治疗。