新生儿巨细胞病毒感染阳性不会自行转阴,需积极治疗。这是因为巨细胞病毒在新生儿体内持续存在,如果不进行治疗,病毒会持续复制,导致病情加重。而治疗通常包括抗病毒药物和对症支持治疗,以减少病毒复制和减轻症状。因此,对于新生儿巨细胞病毒感染阳性,及时的医疗干预是必要的。