在进行卫生细菌学检查时，常用的指示菌包括大肠杆菌、金黄色葡萄球菌、铜绿假单胞菌、肺炎链球菌和沙门氏菌等。
1.大肠杆菌：大肠杆菌是一种常见的肠道致病菌，在医院环境中广泛存在。它可以通过污染医疗器械、手术器械等方式传播给患者，引起感染性疾病，如腹泻、腹痛等。
2.金黄色葡萄球菌：金黄色葡萄球菌是一种常见的革兰氏阳性菌，具有较强的抗药性。它可以导致多种感染疾病，如皮肤感染、呼吸道感染等。
3.铜绿假单胞菌：铜绿假单胞菌是一种常见的环境微生物，可以在医院环境中生存并产生毒素。它可以通过污染医疗设备、手术器械等方式传播给患者，引起感染性疾病，如败血症、脑膜炎等。
4.肺炎链球菌：肺炎链球菌是一种常见的呼吸道致病菌，可以引起肺炎、中耳炎等多种感染疾病。
5.沙门氏菌：沙门氏菌是一种常见的食物中毒原菌，主要通过食用被污染的食物而引起感染。它的感染症状通常包括恶心、呕吐、腹泻等。
总之，不同的指示菌会导致不同类型的感染疾病，因此在进行卫生细菌学检查时，需要选择适当的指示菌来进行检测。同时，对于已经确定感染了某种指示菌的患者，应及时采取相应的治疗措施，以避免病情进一步恶化。