男性HPV16阳性可以通过日常护理、药物治疗、物理治疗、手术治疗、化学治疗等方式进行治疗。
1、日常护理
如果男性感染了HPV16，在平时要注意个人卫生，勤换洗内裤，并且定期对衣物进行消毒。同时也要注意营养均衡，多吃一些营养价值丰富的食物，增强身体抵抗力，有利于疾病的恢复。
2、药物治疗
如果患者出现了明显的不适症状，可以在医生的指导下合理使用咪喹莫特乳膏、鬼臼毒素软膏等药物进行治疗，能够去除局部的疣体。
3、物理治疗
如果药物治疗的效果不好，患者也可以遵医嘱通过激光治疗、液氮冷冻治疗等方式来改善病情，能够使疾病得到一定的控制。
4、手术治疗
如果病情比较严重，患者也可以遵医嘱通过手术的方式进行治疗，常见的手术主要包括尖锐湿疣切除术等，能够使疾病得到控制。
5、化学治疗
患者也可以遵医嘱使用氟尿嘧啶软膏、注射用盐酸平阳霉素等药物进行治疗，能够有效的抑制肿瘤细胞的生长。
在日常生活中，患者还需要时刻注意身体的变化情况，如果出现了明显的不适症状，需要及时就医。
