舌根舌苔厚、有口臭的患者可以吃牛黄解毒片、藿香清胃胶囊等药物进行治疗。如果患者的症状比较严重，则需要及时到医院就诊，在医生指导下使用其他药物进行治疗。
1.牛黄解毒片：主要成分为人工牛黄、石膏、大黄等中药材，具有清除体内热邪的作用，并且还能够起到泻火通便的效果。对于上火引起的咽喉肿痛、牙龈肿胀等症状有一定的缓解作用。同时也可以用于改善舌根舌苔厚、有口臭的情况。
2.藿香清胃胶囊：由广藿香、栀子(姜制)、防风等药材制成，属于中药制剂，服用后能够达到化湿开脾的功效，适用于治疗消化不良、脘腹胀满以及不思饮食等情况。当舌头受到炎症刺激时可能会导致舌根舌苔发白并伴有明显的气味，此时可以在医生指导下使用此药物进行治疗。
3.三黄片：主要成分包括盐酸小檗碱、木香等多种药材，服用以后可以达到清肝胆、利湿热的功效，适用于治疗三焦火热所引起的肠胃不适症状，比如口苦、尿赤、心烦易怒等。由于该药物不属于处方药，因此不需要凭借医师的医嘱即可购买和使用。
4.其他药物：如参苓白术散、补中益气丸、健脾祛湿颗粒等，均对改善舌根舌苔厚、有口臭的症状有一定帮助。
除了上述药物外，若存在胃肠功能紊乱、幽门螺杆菌感染等问题也可出现此类情况，需遵医嘱应用抗菌类药物控制病情进展。日常生活中注意保持良好的生活习惯，避免进食辛辣刺激性食物，以免加重口腔异味。