真菌性毛囊炎一般可以遵医嘱吃伊曲康唑胶囊、氟康唑片等抗真菌药物进行治疗。如果效果不佳，则需要配合医生使用抗生素类的药物辅助治疗。
1.伊曲康唑胶囊：该药物属于广谱抗真菌药物，具有一定的抑菌和杀菌作用，在临床上主要用于治疗皮肤癣菌病以及隐球菌感染引起的真菌性脑膜炎等多种疾病。对于患有真菌性毛囊炎所引起的不适症状，如局部瘙痒、疼痛等，能够起到很好的缓解作用。
2.氟康唑片：若患者存在自身免疫缺陷症、艾滋病等情况时，可导致机体免疫力下降，从而引起真菌性毛囊炎的情况发生。此时可在医生指导下服用氟康唑片进行治疗，通常具有抑制真菌细胞壁的合成而发挥抗菌作用的作用，能够达到较好的抗真菌效果。
3.头孢克肟颗粒：若是合并细菌感染的情况下，则可以在医生指导下服用头孢克肟颗粒进行抗感染治疗，从而使病情得到有效地控制。
4.阿莫西林胶囊：同时还可以遵医嘱口服阿莫西林胶囊进行治疗，其为β内酰胺类抗生素、青霉素类药，具有良好的抗菌活性，可用于敏感菌所致的各种感染，如鼻窦炎、中耳炎、支气管炎等。
5.其他：除上述常见药物外，还可遵医嘱应用伊曲康唑分散片、伏立康唑片等药物，均有一定的疗效。
需要注意的是，由于每个人的体质不同，所以用药情况也会有所差异。建议在专业医师的指导下用药，并且还要注意保持局部清洁卫生，避免搔抓患处，以免继发感染。