菜花茎部发黑可能是由于清洁不当、包皮过长、包皮龟头炎、阴茎癌等原因所引起，需要根据具体病因进行治疗。
1、清洁不当
如果患者长时间不注意局部清洁卫生，可能会导致污垢堆积，从而出现上述症状。建议患者保持局部清洁卫生，可以使用温水清洗局部。另外，患者也可以通过温水坐浴的方式，促进局部血液循环，改善发黑的情况。
2、包皮过长
包皮过长是指阴茎皮肤覆盖尿道口，但包皮口大，能自由外翻，露出龟头。如果包皮过长，可能会导致包皮垢堆积，从而出现上述症状。如果患者症状较轻，一般不需要特殊治疗，如果患者症状较严重，则可以通过包皮环切术进行治疗。
3、包皮龟头炎
包皮龟头炎是指包皮内板与龟头内板之间的弥漫性炎症，可能与细菌、真菌、滴虫等病原体感染有关，患者可能会出现局部红肿、糜烂、溃疡等症状，还可能会出现上述症状。患者可以在医生指导下使用红霉素软膏、莫匹罗星软膏等涂抹患处进行治疗，如果患者症状比较严重，还可以遵医嘱服用伊曲康唑胶囊、氟康唑胶囊等药物进行全身治疗。
4、阴茎癌
阴茎癌是指阴茎头、包皮内板、冠状沟和阴茎皮肤的恶性肿瘤，可能与包茎、包皮过长、人乳头瘤病毒感染等因素有关，患者可能会出现阴茎头部丘疹、溃疡、糜烂等症状，还可能会出现上述症状。建议患者可以在医生指导下通过手术的方式进行治疗，同时还可以配合放疗、化疗等方式进行联合治疗。
5、龟头炎
龟头炎是指龟头部由外伤、感染或刺激等因素引起的阴茎头或阴茎包皮的炎症，可能会导致龟头部位出现红肿、糜烂、溃疡等症状，还可能会出现上述症状。患者可以在医生指导下使用甲硝唑片、红霉素软膏等药物进行治疗，也可以通过包皮环切术进行手术治疗。
建议患者及时去医院就医，明确具体的病因，并遵医嘱进行相应的治疗，避免症状加重。