腹腔镜手术后肩膀会痛，可能是由于术中麻醉药物作用、术后正常反应、肩部外伤、神经根型颈椎病、肌筋膜炎等原因引起的。
1.术中麻醉药物作用：在进行腹腔镜手术时，通常需要使用麻醉药物，在麻药的作用下，患者会出现疼痛症状。一般属于正常的生理现象，不需要特殊治疗，待麻醉药物代谢完毕后，疼痛感可逐渐缓解。
2.术后正常反应：如果患者的体质比较差，而且身体素质也比较弱，在做完腹腔镜手术以后，可能会出现肌肉酸痛的情况，从而伴随着肩膀部位疼痛的症状。此时可以通过多卧床休息的方式进行改善，也可以通过按摩的方式来促进局部血液循环，有利于症状的恢复。
3.肩部外伤：如果在做腹腔镜手术之前或者之后，受到过外力撞击，导致肩关节周围的软组织损伤或者是骨折，则会引起上述情况。如果是软组织损伤引起的，可以遵医嘱服用舒缓止痛胶囊、塞来昔布胶囊等药物进行治疗。如果是骨折引起的，还需要及时就医，根据病情严重程度采取针对性措施。
4.神经根型颈椎病：神经根型颈椎病是颈椎间盘突出症的一种类型，主要是因为椎间盘退行性变、骨质增生等因素所引起。当压迫到颈神经根时，就会出现上肢放射性疼痛、麻木等症状，并且还会伴随颈部僵硬、活动受限等情况。建议患者可以在医生指导下使用非甾体抗炎药进行治疗，比如双氯芬酸钠缓释片、美洛昔康片等，同时还可以配合使用营养神经类药物，如甲钴胺片、维生素B6片等。必要时，患者则需要通过手术方式进行治疗。
5.肌筋膜炎：肌筋膜炎是指发生在肌筋膜组织的慢性炎症，通常是由于长期过度牵拉或长时间处于寒冷潮湿环境诱发的，会导致患处出现疼痛、红肿以及运动障碍等症状。随着病情的发展，还会影响到邻近的组织器官，甚至会出现放射性的疼痛。患者可在医生指导下使用盐酸乙哌立松片、塞来昔布胶囊等药物进行治疗，还可选择红外线照射疗法等方式辅助治疗。
除此之外，这种情况还有可能与胸锁乳突肌痉挛、脑卒中、颅内肿瘤等有关，建议患者及时前往医院就诊，明确病因后对症治疗。
