凌晨吃药是否有危害，需要根据具体药物进行分析，如果是治疗疾病的药物，遵医嘱在凌晨服用一般不会有危害，但如果是私自在凌晨服用的药物，可能会对身体造成一定的危害。
如果患者患有疾病，需要服用药物进行治疗，如果是治疗失眠的药物，比如地西泮片、艾司唑仑片等，在医生指导下在凌晨吃，一般不会对身体造成危害，因为这类药物属于短效药物，在服用后可以快速起效，通常不会对身体造成副作用。
如果患者没有遵医嘱按时按量在凌晨服用，可能会对身体造成一定的危害，比如可能会刺激中枢神经系统，从而出现头晕、乏力、嗜睡等症状。同时，还有可能会导致胃肠道不适，比如恶心、呕吐、腹泻等。另外，如果患者对药物过敏，还可能会导致皮肤出现瘙痒、红肿、疼痛等过敏反应。
建议患者在服用药物时需要注意饮食清淡，避免食用辛辣刺激性食物，例如辣椒、花椒或者是芥末等，以免影响药物效果。同时，患者还需注意避免在睡前服用药物，以免导致出现失眠的情况。