男孩子阴囊颜色变深是否还会长高，要根据具体情况进行分析。男孩子阴囊颜色变深可能是正常的生理现象，也可能是由于外界刺激、过敏、阴囊湿疹、精索静脉曲张等原因所引起的。
1、正常的生理现象
男孩子处于青春期时，体内的雄激素分泌会逐渐增多，从而导致阴囊皮肤的颜色发生改变，出现阴囊颜色变深的情况。一般属于正常的生理现象，不需要特殊治疗，建议男孩子在日常生活中注意保持良好的生活习惯，避免熬夜，保证充足的睡眠。
2、外界刺激
如果男孩子阴囊受到外界刺激，如受到撞击、挤压等，可能会导致阴囊皮肤出现损伤，从而引起阴囊皮肤颜色变深的情况。建议男孩子需要注意保持阴囊部位清洁卫生，避免挠抓患处，以免引起皮肤破损的情况。必要时，男孩子也可以遵医嘱使用红霉素软膏、莫匹罗星软膏等涂抹患处进行治疗。
3、过敏
如果男孩子属于过敏体质，在接触过敏原后，如动物皮毛、花粉等，可能会导致阴囊皮肤出现过敏反应，引起阴囊皮肤红肿、瘙痒等症状，部分男孩子可能会出现阴囊颜色变深的情况。建议男孩子可以在医生指导下使用氯雷他定、盐酸西替利嗪等抗组胺药物进行抗过敏治疗。同时，患者也可以遵医嘱外用炉甘石洗剂等涂抹患处进行治疗。
4、阴囊湿疹
阴囊湿疹主要是由于环境因素、精神因素等原因引起的阴囊湿疹。由于阴囊湿疹会导致阴囊皮肤表面出现丘疹、红肿、瘙痒等症状，部分男孩子可能会出现阴囊颜色变深的情况。建议男孩子可以在医生指导下使用他克莫司软膏、吡美莫司乳膏等涂抹患处进行治疗。
5、精索静脉曲张
精索静脉曲张主要是由于精索静脉回流障碍、静脉瓣功能不全等原因引起的。由于精索静脉曲张会导致睾丸局部的血液循环受阻，使睾丸内的静脉血淤积，导致阴囊内的温度升高，从而引起阴囊颜色变深的情况。建议男孩子可以在医生指导下使用地奥司明片、对乙酰氨基酚片等药物进行治疗。
建议患者及时就医，明确具体病因后进行对症治疗，以免延误病情。
