HPV66型病毒阳性可以遵医嘱使用抗病毒的药物、免疫调节药物、腐蚀性药物、消炎药物、抗生素药物进行治疗。
1、抗病毒的药物
HPV66型病毒阳性，说明患者已经感染了人乳头瘤病毒，可能是由于不洁的性生活、接触感染者的衣物等原因导致的。患者可以在医生的指导下使用阿昔洛韦片、更昔洛韦分散片等抗病毒的药物进行治疗，可以抑制病毒在体内的复制，从而起到治疗的效果。
2、免疫调节药物
如果患者体内感染人乳头瘤病毒以后，可能会导致自身的免疫力下降，此时可以遵医嘱使用免疫调节药物进行治疗，比如胸腺肽肠溶片、转移因子口服溶液等，可以提高身体的免疫力，也可以达到辅助治疗的效果。
3、腐蚀性药物
如果患者感染了人乳头瘤病毒以后，可能会导致生殖器部位出现丘疹、角化型斑块等症状。此时可以在医生的指导下使用水杨酸软膏、咪喹莫特乳膏等药物进行治疗，可以起到一定的腐蚀性作用，从而改善不适症状。
4、消炎药物
如果患者局部出现了炎症的情况，可能会出现红肿、疼痛等症状。患者可以遵医嘱使用消炎药物进行治疗，比如阿莫西林胶囊、盐酸左氧氟沙星胶囊等，可以抑制炎症反应，有利于疾病的恢复。
5、抗生素药物
如果患者感染人乳头瘤病毒以后，导致宫颈部位出现了炎症反应，可以在医生的指导下使用抗生素药物进行治疗，比如阿奇霉素胶囊、盐酸多西环素胶囊等，可以起到抗炎的作用，从而缓解不适症状。
在日常生活中，患者要注意个人卫生，勤换内裤，避免不洁的性生活。如果患者出现不适症状，建议及时前往医院就诊治疗，以免延误病情。
