根管治疗两年后牙齿又疼，可能是由于根管治疗不完善、根尖周炎、牙周炎、牙髓炎、冠周炎等原因引起的，患者需要根据病因进行治疗。
1、根管治疗不完善
如果患者在进行根管治疗时，没有将根管内的感染清除干净，可能会导致患者出现上述症状。患者可以在医生指导下再次进行根管治疗，同时还可以遵医嘱配合使用甲硝唑、阿莫西林等药物进行抗感染治疗。
2、根尖周炎
根尖周炎主要是由于牙髓腔内部的细菌感染通过根尖孔向根尖周围组织扩散引起的。患者一般会出现根尖部位的肿胀、疼痛等症状。如果患者症状比较严重，则可以通过手术的方式进行治疗，如根尖刮治术、开髓引流术等。
3、牙周炎
牙周炎主要是由于牙菌斑、牙石等原因引起的牙周组织慢性炎症。如果患者症状比较严重，则可以通过龈上洁治术、龈下刮治术等方式进行治疗。必要时，患者也可以遵医嘱使用布洛芬、对乙酰氨基酚等非甾体抗炎药进行治疗。
4、牙髓炎
牙髓炎主要是由于感染、外伤等原因引起的牙髓组织发生炎症反应。如果患者症状比较严重，则需要通过根管治疗术、盖髓术等方式进行治疗。
5、冠周炎
冠周炎主要是由于智齿萌出不全、细菌感染等原因引起的智齿周围软组织炎症。患者一般会表现为牙龈肿胀、疼痛、张口受限等症状。如果患者症状比较轻微，可以通过生理盐水漱口的方式，保持口腔清洁卫生。如果患者症状比较严重，则需要及时就医，在医生指导下使用阿莫西林、甲硝唑等药物进行抗感染治疗。必要时，患者也可以通过手术的方式进行治疗。
建议患者及时就医，明确具体病因后进行对症治疗。