右侧卵巢内囊性结构是否会自动消失，需要根据引起的原因进行综合考虑。如果是生理性因素引起的，此时会自动消失。如果是病理性因素引起的，此时不会自动消失。
1、会自动消失
如果女性排卵以后，卵泡没有及时从卵巢内排出，可能会形成黄体囊肿，从而出现右侧卵巢内囊性结构的情况。一般属于正常的生理现象，囊性结构会随着月经周期的变化，从而消失。如果没有其他不适的症状，一般不需要进行特殊治疗，但是要定期去医院进行复查。
2、不会自动消失
如果女性存在盆腔炎、子宫内膜异位症等疾病，可能会使卵巢表面受到炎症刺激，从而出现囊性结构的情况。患者可能会出现下腹部疼痛、月经紊乱、阴道分泌物增多等症状，此时不会自动消失，患者可以在医生的指导下服用盐酸左氧氟沙星胶囊、阿莫西林胶囊等药物进行治疗，同时还可以通过腹腔镜手术进行处理。
在日常生活中，患者要注意个人卫生，勤用温水清洗外阴，勤换洗内裤，避免不洁的性生活。如果出现不适症状，建议患者及时就医治疗。