怀孕九周孕囊小，可能是由于受精卵着床时间晚、胚胎发育不良、宫外孕、生化妊娠等原因导致的，需要根据具体原因进行处理。
1.受精卵着床时间晚：如果孕妇平时月经周期不规律，可能会导致排卵期推迟，从而出现受精卵着床时间晚的情况。此时属于正常的生理现象，一般不需要过分担心，也不用进行特殊治疗。建议孕妇注意休息，避免过度劳累。
2.胚胎发育不良：如果在怀孕期间经常接触有毒有害的物质，可能会导致胚胎发育不良，从而出现孕囊偏小的情况。建议孕妇及时到正规医院通过清宫手术的方式进行治疗，同时还要注意多卧床休息，避免过度劳累。
3.宫外孕：宫外孕是指受精卵在子宫体腔以外的部位着床发育的一种异常妊娠过程。患者可能会出现停经、腹痛等症状。如果确诊为宫外孕，患者可以通过输卵管切除术等方式进行治疗。
4.生化妊娠：生化妊娠是指精子和卵子结合后形成受精卵，并在子宫腔内着床失败的情况。患者可能会出现阴道出血、下腹部疼痛等症状。建议患者可以在医生指导下使用黄体酮胶囊、地屈孕酮片等药物进行保胎治疗。
5.其他情况：除此之外，还可能与葡萄胎、先兆流产等因素有关。如果症状持续加重，建议孕妇及时就医治疗。