46岁三个月不来月经可能是绝经，但也可能是怀孕、内分泌失调、围绝经期、子宫内膜炎等原因导致的，患者需要根据具体的原因进行相应的处理。
1、绝经
女性绝经的年龄通常在45-55岁之间，此时卵巢功能会逐渐衰退，体内的雌激素水平也会明显下降，从而出现月经周期不规律、停经等症状，此时一般是绝经。如果没有伴随其他不适症状，通常是正常的生理现象，不需要特殊治疗。
2、怀孕
如果在排卵期有正常的性生活，没有做好避孕措施，可能会怀孕，从而导致停经。患者可以通过早孕试纸进行检测，也可以到医院进行抽血检查，如果人绒毛膜促性腺激素水平明显升高，说明是怀孕引起的。
3、内分泌失调
如果患者经常熬夜、精神压力过大，可能会导致体内激素分泌紊乱，从而出现月经推迟、月经量增多等症状。建议患者保持良好的生活习惯，避免熬夜，可以通过按摩的方式缓解症状。
4、围绝经期
围绝经期是指女性绝经前后的一段时期，由于卵巢功能衰退，雌激素水平下降，会导致月经紊乱，出现月经量减少、月经周期不规律等症状。患者可以在医生指导下使用戊酸雌二醇片、地屈孕酮片等药物辅助改善，平时要注意保持良好的情绪，可以多吃一些新鲜的水果蔬菜，例如苹果、西红柿等。
5、子宫内膜炎
如果平时不注意个人卫生，可能会导致细菌通过宫颈口进入子宫内，引发子宫内膜炎。在炎症的刺激下，会导致子宫内膜脱落不全，出现月经量增多、月经周期延长等情况。患者可以遵医嘱服用盐酸左氧氟沙星胶囊、阿莫西林胶囊等药物治疗。平时要注意个人卫生，勤换内裤。
如果患者出现不适症状，建议及时去医院就医，以免延误病情。