通常情况下，月经干净3天后卵巢囊肿是否会消失，需要根据具体情况进行综合考虑。
1、可能会消失
如果女性的体质比较弱，而且卵巢囊肿的体积比较小，也没有其他不适症状，此时月经干净3天后卵巢囊肿可能会消失。一般不需要进行特殊治疗，但是要定期去医院进行复查，及时关注身体的恢复情况。
2、可能不会消失
如果女性的体质比较弱，而且卵巢囊肿的体积比较大，也出现腹部疼痛、性交疼痛等情况，此时月经干净3天后卵巢囊肿可能不会消失。需要及时去正规医院的妇科，通过卵巢囊肿剥除手术、腹腔镜手术等方式进行治疗。术后需要遵医嘱使用医用碘伏、医用酒精等药物进行消毒处理。
建议患者在日常生活中，要保持良好的心态，积极配合医生进行治疗，避免紧张焦虑。同时还要保持良好的生活习惯，作息要规律，避免长期熬夜。
