通常情况下，玄驹胶囊和复方玄驹胶囊的区别在于成分不同、功效不同、主治不同、注意事项不同、禁忌不同等。
1、成分不同
玄驹胶囊主要成分是黑蚂蚁、淫羊藿、枸杞子、蛇床子。复方玄驹胶囊主要成分是淫羊藿、枸杞子、蛇床子。
2、功效不同
玄驹胶囊具有温肾、壮阳、益精、祛风湿等功效，复方玄驹胶囊具有温肾、壮阳、益精、祛风湿等功效。
3、主治不同
玄驹胶囊主要用于治疗肾阳虚引起的神疲乏力、精神不振、腰膝酸软、少腹阴器发凉、精冷滑泄等症状，也可以用于改善类风湿关节炎、骨性关节炎、肾阳不足、风寒痹阻证引起的关节疼痛、肿胀等症状。复方玄驹胶囊主要用于治疗肾阳虚引起的神疲乏力、精神不振、腰膝酸软、少腹阴器发凉、精冷滑泄等症状，也可以用于改善类风湿关节炎、骨性关节炎、肾阳不足、风寒痹阻证引起的关节疼痛、肿胀等症状。
4、注意事项不同
玄驹胶囊不宜长期服用，服药2周症状无缓解，应去医院就诊。复方玄驹胶囊不宜与其他药物同时服用，如同时使用其他药物，需要提前咨询医生，以免发生药物相互作用，影响药效。
5、禁忌不同
对玄驹胶囊过敏者禁用，过敏体质者慎用。复方玄驹胶囊孕妇禁用。
玄驹胶囊和复方玄驹胶囊都是中成药，建议患者在医生指导下使用，切勿自行用药，以免出现不良反应，造成病情加重。