通常情况下，甲钴胺和腺苷钴胺的区别主要在于成分不同、适应证不同、不良反应不同、药理作用不同、服用时间不同等。
1、成分不同
甲钴胺主要成分是甲钴胺，是维生素B12的衍生物。而腺苷钴胺主要成分是腺苷钴胺，是维生素B12的两种活性辅酶形式之一。
2、适应证不同
甲钴胺主要用于治疗周围神经病，如各种类型的周围神经炎、神经痛、面神经麻痹等。而腺苷钴胺主要用于治疗缺乏维生素B12引起的巨幼红细胞性贫血。
3、不良反应不同
甲钴胺服用后可能会出现食欲不振、恶心、呕吐、腹泻、腹痛等胃肠道反应，偶见皮疹、荨麻疹等过敏反应。而腺苷钴胺服用后可能会出现食欲减退、恶心、呕吐、腹痛、腹泻、头痛、嗜睡、肌肉无力等不良反应。
4、药理作用不同
甲钴胺是一种内源性的辅酶B12，可促进叶酸的利用和核酸代谢，可促进轴突运输功能和轴突再生，使延迟的神经突触传递和神经递质减少恢复正常，抑制神经退变。而腺苷钴胺是氰钴胺的同类物，是氰化物变位酶的活性辅酶，参与体内腺苷酸环化酶和醛缩酶的活性，使已糖磷酸化酶活性提高，进而使5-羟色胺和血清铁蛋白增加，可促进红细胞的成熟和代谢。
5、服用时间不同
甲钴胺一般建议在饭后半小时服用，以减少对胃肠道的刺激。而腺苷钴胺通常建议在饭后立即服用，以免影响药物吸收。
另外，建议患者在医生指导下使用上述药物，切勿私自用药，以免引起不良反应，对身体造成影响。同时患者在用药期间还要注意避免食用辛辣刺激性食物，例如辣椒、花椒或者芥末等，以免影响药物效果。若期间出现明显不适，还需及时就医诊治，以免延误病情。