男性HPV检查查不出来可能是因为感染的HPV不在皮肤黏膜层，也可能是因为感染的HPV数量较少，还可能是因为感染的HPV不在皮肤黏膜层，没有侵入到皮肤黏膜层，所以检查不出来。
HPV是指人乳头瘤病毒，感染后会引起多种皮肤黏膜疾病，如扁平疣、尖锐湿疣等。HPV有多种基因型，不同基因型的HPV感染可导致不同的临床表现。HPV检查主要是用于检查患者是否携带有HPV病毒，可以通过染色镜检查法、HPV的DNA检测法或血清学试验来检查是否感染了HPV。
如果患者感染的HPV数量较少，或者感染的HPV不在皮肤黏膜层，则可能会出现上述检查结果异常的情况。建议患者及时就医，可以在医生指导下使用维A酸乳膏、氟尿嘧啶软膏等涂抹患处进行治疗。同时，患者还可以通过激光治疗、冷冻治疗等方式进行物理治疗。
在日常生活中，建议患者注意加强体育锻炼，如跑步、游泳等，有助于提高身体免疫力，有利于疾病的康复。同时，患者还需要注意保持良好的生活习惯，避免熬夜，注意保持充足睡眠。