TMS经颅磁刺激的副作用主要包括头痛、头晕、恶心、呕吐、耳鸣、眼球震颤等，患者需要时刻注意身体的变化情况。
1、头痛
TMS经颅磁刺激是一种无创治疗方法，主要是利用脉冲磁场作用于大脑皮层，可以促进神经细胞的代谢，改善脑细胞的功能，在一定程度上还可以缓解神经衰弱引起的头痛。但是患者在进行治疗时，可能会使局部的神经受到刺激，从而出现头晕的情况。
2、头晕
如果患者的自身体质比较弱，而且对该治疗仪存在过敏反应，可能会使患者出现头晕的情况，甚至还会伴有心慌的现象。建议患者立即停止治疗，也可以遵医嘱配合使用盐酸苯海拉明片、盐酸西替利嗪胶囊等药物进行治疗。
3、恶心、呕吐
部分患者在进行TMS经颅磁刺激治疗时，可能会使脑部的神经受到刺激，从而出现恶心、呕吐的情况，甚至还会伴有食欲减退的症状。建议患者可以通过多卧床休息的方式进行改善，也可以通过少食多餐的方式进行处理。
4、耳鸣
TMS经颅磁刺激主要是通过脉冲磁场作用于大脑皮层，可以促进神经细胞的代谢，改善脑细胞的功能，在一定程度上还可以缓解神经衰弱引起的耳鸣。但对于患有耳部疾病的患者，进行TMS经颅磁刺激治疗后，可能会加重耳鸣的症状。
5、眼球震颤
TMS经颅磁刺激可能会对眼部神经造成刺激，从而出现眼球震颤的情况。
在日常生活中，患者要注意平时的护理，避免长时间地使用电子设备，也要避免经常熬夜，否则会使疾病进一步加重，不利于身体的恢复。如果患者出现不适症状，建议及时就医治疗。
