子宫内膜厚度只有3mm，可能是雌激素水平偏低、宫腔粘连、多囊卵巢综合征等原因引起的，需要根据不同的原因进行相应的处理。
1、雌激素水平偏低
如果女性在日常生活中不注意饮食结构，经常挑食或者偏食，可能会导致体内的雌激素水平出现下降的情况，从而导致子宫内膜变薄。患者一般可以遵医嘱服用戊酸雌二醇片、尼尔雌醇片等雌激素药物进行治疗，同时还需要调整饮食结构，多吃一些富含雌激素的食物，比如豆浆、豆腐等。
2、宫腔粘连
如果女性之前进行过宫腔手术，术后可能会出现宫腔粘连的情况，从而导致子宫内膜变薄。患者可以在医生的指导下服用宫血宁胶囊、益母草颗粒等药物进行治疗，严重时还可以通过宫腔粘连分离术的方式进行处理。
3、多囊卵巢综合征
属于内分泌代谢疾病，发病原因尚不明确，可能与遗传因素以及环境因素等有关。患者通常会出现痤疮、多毛、闭经等症状，也可能会导致子宫内膜变薄。患者可以遵医嘱服用地屈孕酮片、黄体酮胶囊等药物进行治疗，同时还需要调整生活方式，保持良好的心态，避免过度紧张。
除此之外，还可能与卵巢功能低下、甲状腺功能减退等原因有关，建议患者及时到正规医院进行检查并治疗，以免延误病情。
