目前尚无宁神丸的不良反应及副作用的权威文献报道。但因其主要由牛黄、琥珀等药材制成，故患者服用不当可能会出现过敏、上火等情况。
1.过敏：如果对宁神丸中的某些成分存在过敏的情况，则不建议使用该药物进行治疗，以免引起皮肤瘙痒、红疹、风团等不适症状发生。若已经出现上述症状，需要立即停药，并及时就医诊治。
2.刺激脾胃：由于宁神丸属于一种偏温性的中成药，所以长期大量服用后可能会导致胃肠道受到一定的刺激，从而引发腹痛、腹泻等症状发生。此时可在医生指导下更换其他具有相同功效的药物进行治疗，如天王补心丹、人参归脾丸等。
3.损伤肝肾功能：另外，由于宁神丸是由多种药材配伍而成，因此会增加肝脏以及肾脏代谢负担。若是长期服用且未遵医嘱时，则会导致肝肾功能受损情况出现。因此在用药期间应严格按照医嘱执行，不可盲目加减剂量，以免影响身体健康。
4.耗气动血：此外，对于孕妇来讲则要慎用此药，因为其性质属热，容易伤津劫液，进而可诱发流产、出血等不良后果的发生。
5.加重实证：对于体内有邪实内闭神窍者也不宜单用本品，否则的话会加重病情的发展。
需要注意的是，具体不良反应尚未明确，建议在专业医师的指导下应用，避免擅自滥用。如果正在服用其他药品，在服用本品前请咨询医师或药师。
