没有明确的研究数据表明减肥期间益生菌在哪个时间段吃效果较好。通常情况下建议患者在饭后两小时左右遵医嘱服用益生菌。
1.饭前：如果人体内有益生菌的数量较少，则可以在医生的指导下选择在饭前空腹状态下使用益生菌制剂进行调理，此时可以促进胃肠道蠕动，在一定程度上也可以达到辅助减肥的效果。
2.饭中：若患者处于减肥期间，并且出现了腹部胀气、便秘等症状时，则可以在正餐时适量摄入一些含有益生菌的食物来改善不适症状，如酸奶、香蕉等。此外，还可以适当进食富含膳食纤维素的食物，比如燕麦片、玉米面等，从而促进胃肠蠕动，有利于食物消化与吸收。
3.饭后：另外对于存在慢性肠炎或者溃疡性结肠炎等方面的疾病的人群而言，由于其胃肠道功能较弱，所以一般不建议盲目应用上述药物治疗。此类人群则可以选择在饭后两小时内遵医嘱服用益生菌类药物，因为此时胃酸分泌相对较低，更有利于药物发挥作用。
4.睡前：如果正处于减肥期间，而且已经出现了一些轻微腹泻的症状，则可以在睡觉之前遵医嘱服用益生菌制剂进行缓解。因为在夜间睡眠的过程中，人体内的交感神经会处于兴奋状态，进而导致胃肠道蠕动速度加快。而此时服用益生菌制剂以后，能够有效促进体内宿便排出，对减肥有一定的帮助作用。
5.其他时间：需要注意的是，如果患者本身患有急性肠炎、急性痢疾等疾病，则需要避免食用益生菌制剂，以免加重病情。同时还需要注意的是，孕妇以及哺乳期妇女应在专业医师的指导下谨慎用药。
综上所述，虽然并没有明确的时间规定何时吃益生菌比较好，但为了保证药效，建议患者最好严格按照医嘱或说明书上的用法用量来执行。
