水进眼睛会不舒服可能是由于异物刺激、角膜损伤、结膜炎、干眼症、青光眼等原因引起的。
1.异物刺激：如果水进入眼睛后，没有及时进行处理，可能会导致异物对眼球造成刺激，从而出现不适症状。建议患者可以使用流动的清水冲洗眼睛，能够将异物冲出。
2.角膜损伤：如果水进入眼睛后，会对角膜造成一定的刺激，从而引起角膜损伤的情况。患者可以在医生指导下使用左氧氟沙星滴眼液、妥布霉素滴眼液等药物进行治疗。
3.结膜炎：如果患者本身患有结膜炎，在受到外界因素的刺激时，会导致病情加重，从而出现上述情况。患者可以在医生指导下使用阿昔洛韦滴眼液、更昔洛韦滴眼液等药物进行治疗。
4.干眼症：干眼症是指由多种因素所导致的泪液质量异常或动力学异常，无法维持眼球表面正常泪膜功能的眼表疾病。患者会出现眼部干涩、异物感等症状。患者可以在医生指导下使用玻璃酸钠滴眼液、聚乙烯醇滴眼液等药物进行治疗。
5.青光眼：青光眼是一种以视神经萎缩和视野缺损为特征的慢性疾病，主要是由于房水流出通道阻塞或房水分泌过多所致。患者会出现视力下降、头痛等症状。患者可以在医生指导下使用硝酸毛果芸香碱滴眼液、酒石酸溴莫尼定滴眼液等药物进行治疗。
在日常生活中要注意做好眼部护理措施，避免用手揉搓眼睛，以免加重病情。
