复方嗜酸乳杆菌片主要成分为活菌，如果需要联合其他药物使用时，建议提前咨询医生。临床上通常不建议与抗菌药、铋剂、酊剂、止泻药以及胃黏膜保护药等合用。
1.抗菌药：如甲硝唑片、替硝唑片等，因为这些药物可杀死肠道内的细菌而影响到复方嗜酸乳杆菌片的活性，在服用期间应间隔2小时左右再进行服用。
2.铋剂：如胶体果胶铋胶囊、枸橼酸铋钾颗粒等，这两种药物均含有铋元素，若与其他益生菌一起吃，可能会导致其中的铋吸附在益生菌上，从而降低疗效。
3.酊剂：如酒精制剂类药物，包括藿香正气水、正露丸等，由于此类药物中含有酒精成分，会破坏活菌的细胞壁而使其失去活性，因此不能同服。
4.止泻药：如蒙脱石散、盐酸洛哌丁胺胶囊等，上述药物能够抑制肠蠕动而减少腹泻次数，但会影响活菌在肠道内生长繁殖，所以应在停药一段时间后再服用复方嗜酸乳杆菌片。
5.胃黏膜保护药：如铝碳酸镁咀嚼片、硫糖铝分散片等，这类药物能中和胃酸并形成一层保护膜，以防止病原微生物侵袭，但也会干扰活菌的存活环境，进而使药物效果减弱，故不宜同时服用。
此外，对于孕妇及哺乳期妇女而言，用药前需先询问专业医师，以免造成不良后果。另外，对本品过敏者禁用此药，过敏体质者要慎用。
