和胃整肠丸可以与阿莫西林胶囊、左氧氟沙星片等抗生素类药物，以及多潘立酮片、枸橼酸铋钾颗粒等促胃肠动力的药物，还有奥美拉唑镁肠溶片、雷贝拉唑钠肠溶片等抑酸护胃的药物联合使用。但具体用药需要在医生指导下进行。
1.抗生素类：如头孢克肟分散片、青霉素V钾片等，如果患者存在幽门螺杆菌感染的情况，并且出现了细菌性炎症，则可以在医生指导下服用和胃整肠丸治疗疾病，同时还需要遵医嘱服用上述抗生素类药物共同作用于病灶部位，促进疾病的恢复。
2.促胃肠动力的药物：此类药物能够增加胃肠道蠕动，从而缓解腹胀、恶心等症状，而和胃整肠丸属于中成药制剂，没有直接增加胃肠道蠕动的作用，在临床上常用于治疗消化不良引起的不适症状，比如腹部胀闷、嗳气频繁等，所以当出现上述情况时可配合应用多种促胃肠动力的药物治疗。
3.抑酸护胃的药物：若患者患有慢性浅表性胃炎、萎缩性胃炎等疾病，可能会导致胃黏膜受到损伤，引起反酸水、烧心以及腹部疼痛等情况发生，此时可在医生指导下口服此药物进行治疗，还可以遵医嘱服用奥美拉唑镁肠溶片、雷贝拉唑钠肠溶片等药物治疗。
4.其他：对于有胃溃疡、十二指肠溃疡的人群而言，由于胃部黏膜受损严重，进食后容易诱发胃痛、呕吐、腹泻等症状，也可遵医嘱应用该药物来改善不适。另外，从中医角度出发，和胃整肠丸还可搭配乳果糖口服溶液、双歧杆菌三联活菌散等益生菌类药物，以调节胃肠道功能。
需要注意的是，对本品过敏者禁用，过敏体质者慎用，孕妇及哺乳期妇女应在医师指导下使用。此外，若服药三天后症状无缓解，建议及时去医院就诊。
