3岁孩子胃肠功能紊乱可以吃益生菌类药物、促胃肠动力药物、抗酸药物、抗生素类药物、补锌药物等进行治疗，但需要在医生指导下进行用药治疗。
1、益生菌类药物
如果孩子出现胃肠功能紊乱的情况，可能是由于肠道菌群失调引起的，此时可以在医生的指导下服用益生菌类药物进行治疗，比如双歧杆菌三联活菌散、枯草杆菌二联活菌颗粒等，能够调节肠道菌群，改善胃肠功能紊乱的情况。
2、促胃肠动力药物
如果孩子出现了腹胀、腹痛等症状，可以在医生的指导下服用多潘立酮片、枸橼酸莫沙必利片等药物进行治疗，能够促进胃肠道蠕动，改善症状。
3、抗酸药物
如果孩子出现了胃酸分泌过多的情况，也可以遵医嘱服用奥美拉唑肠溶胶囊、雷贝拉唑钠肠溶胶囊等药物进行治疗，能够抑制胃酸的分泌，缓解不适症状。
4、抗生素类药物
如果孩子出现了腹泻、腹痛等症状，可能是由于细菌感染引起的，此时可以在医生的指导下服用阿莫西林颗粒、头孢克肟颗粒等药物进行治疗，能够起到抗感染的作用。
5、补锌药物
如果孩子出现了缺锌的情况，也可以在医生的指导下服用葡萄糖酸锌口服溶液、硫酸锌口服溶液等药物进行治疗，能够补充体内所需要的锌元素，促进疾病的恢复。
如果孩子出现不适症状，建议及时带孩子到正规医院进行相关检查，并积极配合医生治疗。
