凌晨打喷嚏可能是感冒、过敏性鼻炎、慢性鼻炎、急性鼻炎、上气道咳嗽综合征等疾病的前兆。建议患者及时到医院就诊检查，明确病因后积极治疗。
1.感冒：如果在睡觉时受凉或者过度劳累，可能会导致身体免疫力下降，容易受到细菌感染引起感冒，可出现流涕、打喷嚏等症状。此时需要多喝水，并注意休息，同时遵医嘱使用复方氨酚烷胺片、连花清瘟胶囊等药物进行治疗。
2.过敏性鼻炎：通常与遗传有关，也有可能是接触了动物皮毛等易致敏物质所致，在晚上睡觉的时候由于迷走神经兴奋，会导致症状加重，从而会出现频繁打喷嚏以及流清水样鼻涕的情况。可以配合医生服用抗组胺类的药物进行治疗，比如氯雷他定片等。
3.慢性鼻炎：可能与长期处于粉尘较多的环境有关，当接触到灰尘等刺激性物质以后，也会诱发炎症反应，使患者表现为持续性的打喷嚏以及流鼻涕。若合并有明显的鼻塞症状，则可以在医生指导下应用麻黄碱滴鼻液进行缓解。
4.急性鼻炎：通常是病毒感染所造成，如鼻病毒、副流感病毒等，会造成鼻腔黏膜充血水肿，还会伴随有大量分泌物，因此会不断刺激鼻腔而产生打喷嚏的症状。可以遵照医嘱使用通窍鼻炎颗粒、阿莫西林克拉维酸钾分散片等药物治疗。
5.上气道咳嗽综合征：主要是因为鼻部疾病阻塞了鼻部分泌物引流通道，导致鼻腔分泌物倒流入咽喉部引发的咳嗽变异性病症，就会经常在夜间发作，且伴有打喷嚏、流鼻涕等症状。建议患者去医院做相关检查，然后遵从医嘱外用糠酸莫米松鼻喷雾剂、布地奈德吸入气雾剂等药物治疗。
此外，中医认为，凌晨打喷嚏可能是风寒之邪侵袭机体引起的不适现象，还可伴有流清鼻涕的表现，一般可用生姜熬水喝来驱散寒邪。
