5联和3联的益生菌的区别主要在于其所含有的活菌种类和数量不同。5联益生菌主要是由嗜酸乳杆菌、长型双歧杆菌、屎肠球菌和蜡样芽孢杆菌组成。而3联益生菌主要是由长型双歧杆菌、保加利亚乳杆菌、嗜酸乳杆菌、粪肠球菌组成。5联益生菌可以改善肠道菌群，促进胃肠道蠕动，增强免疫力，还可以缓解乳糖不耐受的症状。临床上主要用于治疗肠道菌群失调引起的腹泻、便秘、腹胀等症状。而3联益生菌可以补充人体正常生理细菌，促进营养物质的消化吸收，抑制肠道有害细菌的生长，从而调节肠道菌群平衡，可以用于治疗腹泻、便秘、消化不良等症状。
5联益生菌的活菌种类和数量是完全不同的，5联益生菌包含了3种活菌，而3联益生菌只包含了1种活菌。因此，5联益生菌的安全性也是不同的，5联益生菌的不良反应相对较少，但是3联益生菌的不良反应相对较多。
需要注意的是，5联益生菌需要在医生的指导下服用，患者不可自行盲目服用，以免出现不良反应。此外，对5联益生菌过敏者禁用，过敏体质者慎用。如果服用后出现不适症状，建议患者及时就医治疗。
