低位肛瘘如果不及时治疗则有再次发生高位肛瘘的可能 。目前肛瘘的治疗只有一种选择,即手术治疗。如果最初患者是低位肛瘘而没有手术治疗,这意味着患者必须有受损的内口、窦和外口。随着时间的延长由于内口持续感染,可能会出现新的肛瘘,新的肛瘘可能是低位或高位。时间越长形成的肛瘘越多,外部开口也越多。