头孢氨苄胶囊跟阿莫西林的作用通常是一样的，都属于抗生素类药物，但两者的作用部位存在区别。
头孢氨苄胶囊属于第三代头孢菌素类抗生素，对肺炎链球菌、大肠杆菌、变形杆菌属、沙雷菌属、枸橼酸杆菌、沙门菌属、志贺菌属、大肠埃希菌、沙门菌属、枸橼酸杆菌、肠球菌属、沙雷菌属、变形杆菌属、大肠埃希菌、沙门菌属、枸橼酸杆菌、肠球菌属等敏感菌有较好的抗菌作用，在临床上主要用于敏感菌所致的呼吸道感染、泌尿道感染、皮肤软组织感染、败血症、腹膜炎、骨髓炎等疾病的治疗。阿莫西林属于青霉素类抗生素，对肺炎链球菌、大肠杆菌、变形杆菌属、沙门菌属、枸橼酸杆菌、沙门菌属、单核细胞等较好的抗菌作用，在临床上主要用于治疗呼吸道感染、泌尿道感染、皮肤软组织感染、败血症、腹膜炎、骨髓炎等疾病的治疗。
两者在作用部位上存在区别。头孢氨苄胶囊属于第三代头孢菌素类抗生素，而阿莫西林属于青霉素类抗生素，因此，两者在作用部位上也存在区别。此外，两者在药物的不良反应也有所不同，头孢氨苄胶囊的不良反应主要为过敏反应，如皮疹、瘙痒、头晕、头痛等，而阿莫西林的不良反应主要为胃肠道不适，如腹泻、恶心、呕吐、腹胀等。
需要注意的是，头孢氨苄胶囊和阿莫西林虽然都属于抗生素类药物，但在使用时也需要在医生的指导下严格用药，不可私自盲目用药，以免引起不良反应。
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