通常情况下，九节菖蒲与水菖蒲的区别主要体现在形状、功效、禁忌人群不同等多个方面。
1、形状
九节菖蒲为木犀科植物九节菖蒲的干燥根，通常呈长圆锥形，有少量的叶迹，一般呈黄绿色或黄褐色。而水菖蒲是为菊科植物菖蒲的干燥根茎，通常呈长圆柱形，有较多的叶迹。
2、功效
九节菖蒲具有开窍醒神、化湿开胃、化湿等功效。而水菖蒲具有开窍醒神、化湿开胃、化湿等功效。
3、禁忌人群不同
通常情况下，九节菖蒲对于孕妇、哺乳期妇女以及儿童是禁用的。而水菖蒲对于孕妇、哺乳期妇女以及儿童是可以使用的，但是需要在医生的指导下进行用药治疗。
除此之外，两者的药物性质也有所不同。如果患者需要使用上述药物，建议在医生的指导下进行，切勿盲目用药，以免出现不适症状。如果出现不适症状，建议及时就医治疗。
