百令胶囊和金水宝胶囊的区别在于成分不同、功效不同、主治功能不同。
1、成分不同
百令胶囊的主要成分是发酵冬虫夏草菌粉，金水宝胶囊的主要成分是发酵虫草菌粉、金樱子、穿心莲、三七等。
2、功效不同
百令胶囊具有补肺肾、益精气的功效，金水宝胶囊具有补益肺肾、秘精益气的功效。
3、主治功能不同
百令胶囊主要用于治疗肺肾两虚引起的咳嗽、气短、腰酸背痛、水肿等症状，金水宝胶囊主要用于治疗肺肾两虚引起的精气不足、久咳虚喘、神疲乏力、不寐健忘等症状。
患者在服用药物时应遵照医嘱，不可盲目用药，以免服用不当使身体受到影响。
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