沙眼衣原体尿道炎可通过药物等方法进行治疗。可以明确沙眼衣原体的药物敏感性 ,然后选择抗炎药,如左氧氟沙星片、阿奇霉素片或米诺环素胶囊和强力霉素胶囊。持续口服治疗两到三周可以基本消除尿道沙眼衣原体感染,最好配合口服清热利湿中成药。如三金片、八正胶囊、热淋清胶囊等,疗效较好。