婴儿肛周脓肿不治疗会导致病情加重。通常肛周脓肿不会自愈 ,由于肛周脓肿是因为细菌感染导致,所以发病以后患者的肛管、直肠内会有脓液聚积,而脓液如果不及时排除,只会变得越来越多。新生儿由于伤口愈合很快,所以脓液往往流出来以后,里面脓腔又没有愈合,所以容易导致反复发作,长期不愈而形成肛瘘。建议家长及时带患儿到肛肠科就诊,避免病情加重。