男性尿道口痒、肛门瘙痒的原因通常是非淋球菌性尿道炎、淋病等。非淋球菌性尿道炎是支原体衣原体感染所致,临床表现为尿道内瘙痒,伴有灼热感。患者需要进行分泌物,或者尿液的支原体、衣原体检测明确诊断。淋病是通过不洁的性接触感染淋球菌所致,患者会出现尿道内瘙痒、疼痛等症状,建议患者进行分泌物的淋球菌涂片检查明确诊断。