新生儿甲减停药后是否复发因病而异 。新生儿甲状腺机能减退症的不同类型需要不同的治疗方法,如果是因为母亲或新生儿自身的问题,导致体内暂时缺乏甲状腺激素分泌,导致暂时性甲状腺功能减退,新生儿的甲状腺功能减退会自行恢复。然而,如果是原发性甲状腺功能减退或继发性甲状腺功能减退,新生儿将无法自行康复。在这两种情况下,治疗越早,康复的可能性越大。