小肠镜检查存在肠出血、穿孔以及麻醉意外等风险。小肠镜检查属于一种侵入性检查,需要患者全身麻醉状态下进行,具有的风险比较大。小肠非常长,大约5m,小肠镜的检查分两个步骤,先经口行小肠镜检查,空肠或者回肠做好标记,再经肛门进行小肠镜检查,最终于与标记处汇合完成完整的小肠镜检查。