早上起来用凉水刷牙会拉肚子肚子疼可能是由于胃肠道对温度敏感、消化系统对寒冷刺激敏感、存在慢性胃肠炎等原因引起的。这些因素可能导致胃肠道平滑肌过度收缩,进而引发腹泻和腹痛症状。此外,如果患者本身患有肠易激综合征或慢性结肠炎等疾病,使用凉水刷牙也可能诱发不适症状。因此,在日常生活中要注意避免使用过冷或过热的水源来清洁口腔,并且在出现腹泻等症状时应及时就医以确定具体原因并接受相应治疗。