三个月宝宝大脑发育不好的原因可能是遗传因素、脑损伤、神经递质异常等。这些因素可能导致大脑结构或功能障碍,从而引起大脑发育不良。如果婴儿存在染色体异常,也可能影响大脑发育,导致智力低下。这种情况需要通过染色体分析来确定具体类型,并采取针对性治疗措施。在关注婴儿大脑发育的同时,应定期监测其生长指标,确保营养均衡,必要时咨询专业医生或康复师的意见。