通常情况下，医用益生菌和保健益生菌的区别主要在于二者的作用不同。
医用益生菌是指通过加工而成的一类益生菌，可以直接服用，也可以加入到水、牛奶或果汁中服用，在服用之后可以调节肠道菌群，改善便秘、腹泻等不适症状。而保健益生菌是指具有调节肠道菌群作用的活性微生物，可以通过调节肠道菌群，促进营养物质的吸收，保持肠道健康。
医用益生菌通常是由天然的菌种制成，而且在服用之后对人体的副作用比较小。而保健益生菌通常是由人工合成的，在服用之后可能会对胃肠道造成一定的刺激，容易出现腹胀、腹痛等不适症状。
建议患者在服用医用益生菌和保健益生菌时，需要在医生的指导下进行，避免自行盲目用药，以免引起不适症状。如果患者在服用药物后出现了不适症状，建议及时就医治疗。
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