钠尿蛋白钙注射液常见的副作用是造成不同部位出血。注射部位也会形成小水肿,在某些情况下还可以看到硬结,这并不是肝素引起的硬结,这些硬结通常在几天后消失。使用钠尿蛋白钙时,应全程监测血小板计数,以防血小板计数过低引起出血。不建议同时使用引起出血风险的药物,如乙酰水杨酸、非甾体抗炎药和噻氯匹定以及糖皮质激素和接受口服抗凝剂的患者,这些都需要注意,这样容易产生出血风险。