有长期大量应用抗生素、免疫抑制药及免疫低下性疾病如AIDS、淋巴瘤、白血病、器官移植等病史,亚急性或慢性进展的头痛、喷射性呕吐、脑神经受损及脑膜刺激征,脑脊液蛋白定量增高、氯化物及葡萄糖降低者,应考虑本病。临床确诊需在脑脊液中找到新型隐球菌。应反复作脑脊液墨汁染色、培养或动物接种以寻找病原。通常墨汁染色阳性率较低,故需尽早应用脑脊液乳胶凝集(LA)或抗原酶联免疫测定法检测隐球菌抗原,以提高早期诊断率。