肝脓肿可由溶组织内阿米巴或细菌感染引起 。阿米巴肝脓肿的发病率与阿米巴结肠炎密切相关,大多数脓肿是单一的。除了败血症之外,细菌性肝脓肿的细菌入侵还可以由腹内感染的直接传播引起,脐带感染通过脐血管和门静脉进入肝脏,胆道蛔虫病也可以是细菌性肝脓肿的原因。常见细菌包括金黄色葡萄球菌、链球菌等。