石菖蒲的禁忌一般有阴虚阳亢者、风热感冒者、孕妇以及气虚多汗者等，其副作用一般有恶心、腹痛等。
1、阴虚阳亢者
石菖蒲味辛、苦，性温，归心、胃经，具有开窍醒神、化湿豁痰、行气活血的功效，在临床上常用于治疗中风、痰厥、癫痫、健忘等病症。由于石菖蒲辛散温通，有耗气伤阴之弊，所以对于阴虚阳亢者不宜使用，以免加重病情。
2、风热感冒者
石菖蒲辛散苦燥、温助助热，风热感冒者使用后会导致邪气内敛，使病情加重，不利于恢复。
3、孕妇
石菖蒲具有开窍醒神的作用，孕妇使用后可能会导致子宫收缩，从而引起流产的情况。
4、气虚多汗者
石菖蒲具有化湿开胃的功效，气虚多汗者使用后会导致体内的津液流失，从而加重病情，不利于恢复。
5、对石菖蒲过敏者
石菖蒲的主要成分是石菖蒲碱、石菖蒲多糖等，如果患者对石菖蒲过敏，使用后可能会出现过敏反应，如皮肤瘙痒、红肿等，严重时还可能会出现过敏性休克。
另外，患者在使用石菖蒲时需要注意避免食用辛辣刺激性食物，例如辣椒、花椒或者是芥末等，以免影响药物效果。如果患者出现不适症状，建议及时就医治疗。
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