左侧附件囊肿3.5x2.8cm，需要根据具体病因进行治疗，可能是生理性因素、输卵管炎、卵巢囊肿、巧克力囊肿、卵巢癌等原因引起的。
1、生理性因素
如果患者是育龄期女性，在月经的后半期，可能会出现卵泡发育的情况，从而引起左侧附件囊肿，出现左侧附件囊肿3.5x2.8cm的情况。如果患者没有出现不适症状，一般不需要进行特殊治疗，建议患者定期复查，及时了解囊肿的生长情况。
2、输卵管炎
如果患者患有输卵管炎，由于炎症刺激，可能会引起左侧附件囊肿的情况。建议患者可以在医生指导下使用阿莫西林、头孢呋辛钠等药物进行抗感染治疗。同时，患者也可以遵医嘱通过微波治疗、红外线治疗等方式进行物理治疗。
3、卵巢囊肿
卵巢囊肿是指卵巢内或者是表面形成的囊状结构，可能与环境、饮食、感染、激素等因素有关，患者可能会出现腹部胀满感、下腹部不适、月经紊乱等症状。建议患者可以在医生指导下使用桂枝茯苓胶囊、红金消结胶囊等中成药进行治疗。必要时，患者也可以通过手术的方式进行治疗。
4、巧克力囊肿
巧克力囊肿是指异位子宫内膜在卵巢内生长，随着月经周期而出血，形成存在陈旧性积血的囊肿。患者可能会出现盆腔疼痛、痛经、月经异常等症状。如果患者症状较轻，可以遵医嘱使用注射用醋酸曲普瑞林、注射用醋酸亮丙瑞林微球等药物进行治疗。如果患者症状较重，则可以通过手术的方式进行治疗。
5、卵巢癌
卵巢癌是指发生于卵巢的恶性肿瘤，可能与遗传、激素等因素有关，患者可能会出现腹痛、腹胀、食欲不振等症状。建议患者可以在医生指导下使用卡铂注射液、紫杉醇注射液等药物进行化疗，也可以通过手术的方式进行治疗。
在日常生活中，建议患者注意休息，避免过度劳累，以免加重病情。如果出现不适症状时，建议患者及时就医治疗。
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