共聚焦角膜显微镜是检查角膜疾病的重要工具。共聚焦角膜显微镜分辨率可达1μm,可以显示角膜不同层次的细胞结构,比如角膜上皮细胞、角膜神经纤维、角膜基质细胞、角膜内皮细胞等。在真菌性角膜炎和阿米巴角膜炎的诊断中,共聚焦显微镜可分辨菌丝结构和阿米巴结构,具有极高的诊断价值。对于角膜内皮失代偿和角膜内皮营养不良的诊断,共聚焦显微镜也可以观察角膜内皮细胞的数量和形态。近年来,共聚焦显微镜在干眼的辅助诊断中发挥越来越重要的作用,比如它可以观察角膜上皮层炎症细胞浸润,角膜神经纤维的长度、弯曲度,睑板腺腺体和腺泡的形态等,同时可直接观察睑板腺中的螨虫,对于蠕形螨睑缘炎的诊断有帮助。共聚焦角膜显微镜由于是无创性检查、分辨率高、操作简便,临床应用越来越广泛。