注射用乳糖酸红霉素出现的不良反应为胃肠道反应。主要表现为恶心和呕吐、腹痛、腹泻、口舌疼痛以及纳差等。部分患者还可发生过敏反应,如药物热、皮疹、嗜酸性粒细胞增多以及心律失常。肝损伤较为少见,只有极少数患者会出现乏力、恶心、呕吐、腹痛、肝功能异常等表现,同时在使用过程中要注意检查。另外,长期大量应用本药物的患者还可能出现二重感染,如伪膜性肠炎、念珠菌病等疾病。